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利用NCycDB数据库从宏基因组中预测氮循环基因

NCycDB 是一个手动管理的综合数据库,用于从鸟枪法宏基因组测序数据中快速准确地分析 N 循环基因(亚)家族。 NCycDB 总共包含 68 个基因(亚)家族,涵盖 8 个 N 循环过程,分别具有 95% 和 100% 一致性阈值的 84 759 和 219 146 个代表性序列。

SignalP+TMHMM预测微生物分泌蛋白

分泌蛋白是指在细胞内合成后,分泌到细胞外起作用的蛋白质。分泌蛋白的N端有一般由15~30 个氨基酸组成的信号肽。信号肽是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短(长度5-30个氨基酸)肽链。常指新合成多肽链中用于指导蛋白质的跨膜转移(定位)的N-末端的氨基酸序列(有时不一定在N端)。使用SignalP注释蛋白序列是否含有信号肽结构,使用TMHMM注释蛋白序列是否含有跨膜结构,最终筛选出含有信号肽结构并且不含跨膜结构的蛋白为分泌蛋白。

使用EffectiveT3预测微生物中的III型分泌系统效应蛋白

III 型分泌系统 (Type III secretion system,T3SS) 主要是革兰氏阴性菌的分泌蛋白分泌到细胞外的运输途径,T3SS效应蛋白 (Type III secretion system Effector protein) 与革兰氏阴性致病菌致病机理有关。通常用软件EffectiveT3 预测T3SS,通过其内部特定的计算模型对每条氨基酸序列进行评分,分值越高,可信度越高,选出评分高于阈值的序列,认为这些序列为III 型分泌系统效应蛋白。

原核生物基因岛预测

介绍如何使用islandpath软件预测原核生物的基因岛。

CAZy碳水化合物活性酶预测

CAZy 全称为Carbohydrate-Active enZYmes Database,碳水化合物酶相关的专业数据库,内容包括能催化碳水化合物降解、修饰、以及生物合成的相关酶系家族。其包含五个主要分类:糖苷水解酶(Glycoside Hydrolases, GHs)、糖基转移酶(GlycosylTransferases, GTs)、多糖裂解酶(Polysaccharide Lyases, PLs)、糖酯酶(Carbohydrate Esterases, CEs)和氧化还原酶(Auxiliary Activities, AAs)。此外,还包含与碳水化合物结合结构域(Carbohydrate-Binding Modules, CBMs)。五大分类和一个结构域下,都分别建立了多个Family。

Swissprot数据库的本地化与序列比对并与其他数据库快速mapping

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