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2022-01-03计算蛋白质等电点并绘制全局pI图WGS生信软件蛋白质组 生物信息蛋白质组的全局 pIs 细胞全局蛋白质组 pI 图的变化取决于氨基酸的总电荷,并对蛋白质的结构和特性具有重要意义。 普遍认为原核基因组具有两个最大的双峰形状,一个在酸性 pH 值下主要对应于溶解的蛋白质(细胞质蛋白或分泌蛋白),另一种在膜
2021-12-10利用GTDB-TK对细菌和古菌基因组进行物种分类WGS生信软件 生物信息GTDB-Tk 是一个软件工具包,用于根据基因组数据库分类 GTDBGenome Database Taxonomy GTDB 为细菌和古菌基因组分配客观分类学分类assigning objective taxonomic classifi
2021-12-02宏病毒组分析流程1-VirSorter2ST179宏病毒组生信软件 生物信息安装软件 安装主程序及依赖 VirSorter2 (version >=2.2.3) CheckV (version >=0.7.0) DRAMv (version >=1.2.0) conda create
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2021-11-12NCBI上传基因簇之tbl2asn的使用NCBI序列处理生信软件 生物信息向 NCBI 提交基因簇的时候需要提供 sqn 格式的文件,这个文件需要通过 tbl2asn 生成。 文件准备 tbl2asn 依赖三个文件来生成 sqn 文件: 文件 1:fasta 格式的基因组序列文件 Header 处的中括号部
2021-11-02R语言安装依赖包错误集锦LinuxR语言软件 生物信息devtools 安装错误 XML 包 安装之 ERROR: configuration failed for package ‘XML’ CentOS 解决方案 在 Linux 终端中运行如下命令即可: sudo yum inst
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2021-10-20在FASTA文件中搜索完全匹配的短序列序列处理 生物信息有时候需要在 FASTA 格式的文件中搜索短的保守序列,这个时候采用查找法比使用 blast 等序列比对更加人性化。但是要注意避坑,即 FASTA 文档中的序列一般是被打断为许多行的,如果要查找的目标序列恰好在断行处,是没有办法直接揪出它的
2021-10-14SignalP+TMHMM预测微生物分泌蛋白Functional genomicsSY179WGS生信软件 生物信息Subtitle: Predict Secretory Protein in microbes with SignalP and TMHMM 分泌蛋白Secretory Protein是指在细胞内合成后,分泌到细胞外起作用的蛋白质。分泌蛋白