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生物信息学3:微生物基因组学常用软件安装
发表于:2018-12-04 | 分类: 生物信息
字数统计: 1.1k | 阅读时长: 5分钟 | 阅读量:

本文详细介绍了 Linux 各发行版通用的几种软件安装方案,并有实例,主要是微生物基因组学常用软件的安装。

一、Linux 安装软件的常用方法:
(1)将可执行程序加入环境变量

一些软件包内包含的是可执行程序,不需要进行编译,这类程序可以在软件目录中通过终端 “./ 主程序名” 命令运行。所以可以将主程序所在的目录加入到环境变量中即可。常见的环境变量配置文件包括家目录下的 “zshrc”、“bashrc” 以及 /etc 目录下的 “profile”。

(2)创建可执行程序的软连接到已在环境变量的目录下

可以视为方法一的另一种实现策略,通过 “ln -s A B” 进行创建,软连接可以理解为 Windows 下的快捷方式。A 为主程序的绝对路径(包含主程序名称),B 为目标路径,即放置软件快捷方式的地方(包含主程序名),一般可存于 “/usr/loacl/bin” 下。

(3)源码配置编译及安装

特点为解压源码包之后,存在 “configure” 文件,一般分三步安装,即在软件目录下打开终端,依次运行:

./configure

make

sudo make install

(4)通过源进行安装

不同的 Linux 发行版含有不同的源和软件安装工具,只要联网,一条命令即可安装源中含有的软件。

Ubuntu 可以通过 “sudo apt-get install 程序名” 进行安装

Centos 可以通过 “sudo yum install 程序名” 进行安装

注:前三种方法适合任意Linux发行版,安装软件前可以先通过方法4进行,若源中不包含此软件再用前三种方法。

二、软件下载及存储
首先在 Home 目录下创建 Tools 目录,所有下载的软件均存放于 tools 目录之下,此处我的家目录为 “manager”,即我软件存放目录为 “/home/manager/Tools”。

三、软件安装
1. ABySS

首先安装依赖包:

Open MPI

tar zxvf openmpi-4.0.0.tar.gz

cd openmpi-4.0.0

./configure

sudo make all install

cd ..

Git(可以不安装)

sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev libexpat1-dev gettext libz-dev libssl-dev git

sparsehash

git clone https://github.com/sparsehash/sparsehash.git

cd sparsehash

./configure

make

sudo make install

cd ..

ABySS

首先删除旧版本(Bio-Linux 自带的)

sudo apt-get remove abyss

tar zxvf abyss-2.1.4.tar.gz

cd abyss-2.1.4

wget http://downloads.sourceforge.net/project/boost/boost/1.56.0/boost_1_56_0.tar.bz2

tar jxf boost_1_56_0.tar.bz2

./configure --enable-maxk=160 --with-mpi=/usr/local/lib/openmpi

#(注:openmpi的路径用“whereis openmpi”寻找)

make

sudo make install

不能多线程运行时(np=2),错误提示为 “/usr/local/bin/mpirun: error while loading shared libraries: libopen-rte.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory”,则需运行如下命令解决。

sudo ldconfig

2. SPAdes

tar -zxvf SPAdes-3.13.0-Linux.tar.gz

vim ~/.zshrc

$HOME/Tools/SPAdes-3.13.0-Linux/bin#(加入环境变量)

source ~/.zshrc

3. prokka

先安装依赖

aragorn

vim ~/.zshrc

i#(进入插入模式),在文末建立新的一行

输入:

export PATH=$PATH:$HOME/Tools/prokka/aragorn.1.2.38

esc #(退出插入模式)

shift + :

wq! #(w,write; q,quit, !强制)

source ~/.zshrc 

barrnap

vim ~/.zshrc

i

$HOME/Tools/prokka/barrnap-0.6/bin

esc

shift + :

wq!

source ~/.zshrc

tbl2asn

#删除旧版本:
sudo rm -f /usr/bin/tbl2asn

#安装新版本。解压,把主程序的名称改为 tbl2asn

sudo ln -s /home/manager/Tools/prokka/tbl2asn /usr/local/bin/tbl2asn

minced

#解压,进入程序所在的目录中

make

sudo ln -s /home/manager/Tools/prokka/minced-master/minced /usr/local/bin/minced

parallel

#解压缩,进入目录

./configure

make

sudo make install

prodigal

#解压缩,进入目录

sudo make install

signalp

#解压缩,用文本编辑器打开signalp主程序,改路径(第13行),并保存:

$ENV{SIGNALP} = '/home/manager/Tools/prokka/signalp-4.1';

vim ~/.zshrc

$HOME/Tools/prokka/signalp-4.1

source ~/.zshrc

rnammer

#解压后进入文件夹,用文本编辑器打开rnammer主程序,修改第35行路径如下:

my $INSTALL_PATH = "/home/manager/Tools/prokka/rnammer-1.2.src";

#通过whereis hammsearch命令查看其所在路径,修改第50行和53行,如下:

$HMMSEARCH_BINARY = "/usr/bin/hmmsearch";

vim ~/.zshrc

$HOME/Tools/prokka/rnammer-1.2.src

source ~/.zshrc

prokka

vim ~/.zshrc

$HOME/Tools/prokka/prokka-1.12/bin

source ~/.zshrc

prokka --setupdb
  1. Parsnp
wget https://github.com/marbl/parsnp/releases/download/v1.2/parsnp-Linux64-v1.2.tar.gz

tar -xvf parsnp-Linux64-v1.2.tar.gz

vim ~/.zshrc

$HOME/Tools/Parsnp-Linux64-v1.2#(加入环境变量)

source ~/.zshrc 
  1. roary(blast+, fasttree)
sudo apt-get install bedtools cd-hit ncbi-blast+ mcl parallel cpanminus prank mafft fasttree

sudo cpanm -f Bio::Roary

#出错的话运行:

sudo cpan -f Bio::Roary
  1. RAxML
#解压

cd standard-RAxML-master 

make -f Makefile.gcc

sudo ln -s /home/manager/Tools/standard-RAxML-master/raxmlHPC /usr/local/bin/raxmlHPC
  1. Prottest
sudo apt-get install prottest
  1. jModelTest
sudo apt-get install jmodeltest
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