本文详细介绍了 Linux 各发行版通用的几种软件安装方案，并有实例，主要是微生物基因组学常用软件的安装。
一、Linux 安装软件的常用方法：
（1）将可执行程序加入环境变量
一些软件包内包含的是可执行程序，不需要进行编译，这类程序可以在软件目录中通过终端 “./ 主程序名” 命令运行。所以可以将主程序所在的目录加入到环境变量中即可。常见的环境变量配置文件包括家目录下的 “zshrc”、“bashrc” 以及 /etc 目录下的 “profile”。
（2）创建可执行程序的软连接到已在环境变量的目录下
可以视为方法一的另一种实现策略，通过 “ln -s A B” 进行创建，软连接可以理解为 Windows 下的快捷方式。A 为主程序的绝对路径（包含主程序名称），B 为目标路径，即放置软件快捷方式的地方（包含主程序名），一般可存于 “/usr/loacl/bin” 下。
（3）源码配置编译及安装
特点为解压源码包之后，存在 “configure” 文件，一般分三步安装，即在软件目录下打开终端，依次运行：
./configure
make
sudo make install（4）通过源进行安装
不同的 Linux 发行版含有不同的源和软件安装工具，只要联网，一条命令即可安装源中含有的软件。
Ubuntu 可以通过 “sudo apt-get install 程序名” 进行安装
Centos 可以通过 “sudo yum install 程序名” 进行安装
注：前三种方法适合任意Linux发行版，安装软件前可以先通过方法4进行，若源中不包含此软件再用前三种方法。
二、软件下载及存储
首先在 Home 目录下创建 Tools 目录，所有下载的软件均存放于 tools 目录之下，此处我的家目录为 “manager”，即我软件存放目录为 “/home/manager/Tools”。
三、软件安装
1. ABySS
首先安装依赖包：
Open MPI
tar zxvf openmpi-4.0.0.tar.gz
cd openmpi-4.0.0
./configure
sudo make all install
cd ..Git（可以不安装）
sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev libexpat1-dev gettext libz-dev libssl-dev gitsparsehash
git clone https://github.com/sparsehash/sparsehash.git
cd sparsehash
./configure
make
sudo make install
cd ..ABySS
首先删除旧版本（Bio-Linux 自带的）
sudo apt-get remove abyss
tar zxvf abyss-2.1.4.tar.gz
cd abyss-2.1.4
wget http://downloads.sourceforge.net/project/boost/boost/1.56.0/boost_1_56_0.tar.bz2
tar jxf boost_1_56_0.tar.bz2
./configure --enable-maxk=160 --with-mpi=/usr/local/lib/openmpi
#（注：openmpi的路径用“whereis openmpi”寻找）
make
sudo make install不能多线程运行时（np=2），错误提示为 “/usr/local/bin/mpirun: error while loading shared libraries: libopen-rte.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory”，则需运行如下命令解决。
sudo ldconfig2. SPAdes
tar -zxvf SPAdes-3.13.0-Linux.tar.gz
vim ~/.zshrc
$HOME/Tools/SPAdes-3.13.0-Linux/bin#(加入环境变量)
source ~/.zshrc3. prokka
先安装依赖
aragorn
vim ~/.zshrc
i#(进入插入模式），在文末建立新的一行
输入：
export PATH=$PATH:$HOME/Tools/prokka/aragorn.1.2.38
esc #(退出插入模式）
shift + :
wq! #(w,write; q,quit, !强制）
source ~/.zshrc barrnap
vim ~/.zshrc
i
$HOME/Tools/prokka/barrnap-0.6/bin
esc
shift + :
wq!
source ~/.zshrctbl2asn
#删除旧版本：
sudo rm -f /usr/bin/tbl2asn
#安装新版本。解压，把主程序的名称改为 tbl2asn
sudo ln -s /home/manager/Tools/prokka/tbl2asn /usr/local/bin/tbl2asnminced
#解压，进入程序所在的目录中
make
sudo ln -s /home/manager/Tools/prokka/minced-master/minced /usr/local/bin/mincedparallel
#解压缩，进入目录
./configure
make
sudo make installprodigal
#解压缩，进入目录
sudo make installsignalp
#解压缩，用文本编辑器打开signalp主程序，改路径（第13行），并保存：
$ENV{SIGNALP} = '/home/manager/Tools/prokka/signalp-4.1';
vim ~/.zshrc
$HOME/Tools/prokka/signalp-4.1
source ~/.zshrcrnammer
#解压后进入文件夹，用文本编辑器打开rnammer主程序，修改第35行路径如下：
my $INSTALL_PATH = "/home/manager/Tools/prokka/rnammer-1.2.src";
#通过whereis hammsearch命令查看其所在路径，修改第50行和53行，如下：
$HMMSEARCH_BINARY = "/usr/bin/hmmsearch";
vim ~/.zshrc
$HOME/Tools/prokka/rnammer-1.2.src
source ~/.zshrcprokka
vim ~/.zshrc
$HOME/Tools/prokka/prokka-1.12/bin
source ~/.zshrc
prokka --setupdb- Parsnp
wget https://github.com/marbl/parsnp/releases/download/v1.2/parsnp-Linux64-v1.2.tar.gz
tar -xvf parsnp-Linux64-v1.2.tar.gz
vim ~/.zshrc
$HOME/Tools/Parsnp-Linux64-v1.2#(加入环境变量)
source ~/.zshrc - roary（blast+, fasttree）
sudo apt-get install bedtools cd-hit ncbi-blast+ mcl parallel cpanminus prank mafft fasttree
sudo cpanm -f Bio::Roary
#出错的话运行：
sudo cpan -f Bio::Roary- RAxML
#解压
cd standard-RAxML-master
make -f Makefile.gcc
sudo ln -s /home/manager/Tools/standard-RAxML-master/raxmlHPC /usr/local/bin/raxmlHPC- Prottest
sudo apt-get install prottest- jModelTest
sudo apt-get install jmodeltest
