安装
metid 包能够用于 in-house 代谢物库构建，并可利用 MS2 spectra 进行代谢物鉴定。metid 自带数据库，来自于公共数据库的整合。
if(!require(remotes)){
install.packages("remotes")
}
remotes::install_github("tidymass/metid")
建库
构建内部库
质谱数据准备
将标准品原始质谱数据用 ProteoWizard 转换为 mzXM 格式.
标准品信息表
将标准品信息整理至 csv 格式表格中，参考如下。
共 11 列：“Lab.ID”, “Compound.name”, “mz”, “RT”, “CAS.ID”, “HMDB.ID”, “KEGG.ID”, “Formula”, “mz.pos”, “mz.neg”, “Submitter”。也可以添加更多的信息，如 “Family”, “Sub.pathway” 和 “Note”。
Lab.ID: 不可重复
mz: 化合物准确的 mass
RT: 保留时间，以秒为单位
mz.pos: 正离子模式下化合物的 mz，如 M+H。可设为 NA
mz.neg: 负离子模式下化合物的 mz，如 M-H。可设为 NA
Submitter: 个人或组织名称，可设为 NA
新建目录 database_construction ，将正离子数据放在 database_construction/POS 中，将负离子数据放在 database_construction/NEG 中，标准品信息表 metabolite.info_RPLC.csv 放在 database_construction 中。
注意：每个文件名必须包含碰撞能（collision energy），如 test_NCE25.mzXML 。
建库
library(metid)
datapath<-file.path("./database_construction")
mydb <- construct_database(
path = datapath,
version = "0.0.1",
metabolite.info.name = "metabolite.info_RPLC.csv",
source = "my lab",
link = "http://xxx.com",
creater = "someone",
email = "x@126.com",
rt = TRUE, # Do the metabolites have RT information or not?
mz.tol = 15, # m/z tolerance for the match between metabolites and precursor m/z of MS2 spectra.
rt.tol = 30, # RT tolerance for the match between metabolites and precursor m/z of MS2 spectra.
threads = 10
)
# 保存数据库
save(mydb, file="mydb")注意：保存时前后名字必须一样。
构建公共库
可将 msp 格式的数据库转换为 metid 数据库。目前有 bug：Error in `dplyr::select ()`: ! Can't subset columns that don't exist. ✖ Column `Name` doesn't exist.
bug 解决前可以下载已经构建好的公共库：Database provided for metid。
MassBank
下载最新的 release MassBank_NIST.msp，将其放在当前目录下。
setwd("C:/Users/liu/Downloads")
library(metid)
massbank_database_2022.12.01 <- construct_mona_database(
file = "MassBank_NIST.msp",
path = ".",
version = "2022.12.01",
source = "MassBank",
link = "https://github.com/MassBank/MassBank-data/releases",
creater = "Hualin Liu",
email = "LHL371@126.com",
rt = FALSE,
threads = 15
)
save(massbank_database_2022.12.01, file = "massbank_database_2022.12.01")MoNA
下载对应数据库，如此处下载 LC-MS Spectra (153,242 spectra) ，截至 2023.04.16。
library(metid)
mona_database_2023.04.16 <- construct_mona_database(
file = "MoNA-export-LC-MS_Spectra.msp",
path = ".",
version = "2023.04.16",
source = "MoNA",
link = "https://mona.fiehnlab.ucdavis.edu/",
creater = "Hualin Liu",
email = "LHL371@126.com",
rt = FALSE,
threads = 10
)
save(mona_database_2023.04.16, file = "mona_database_2023.04.16")参考
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