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kSNP3寻找SNPs并构建进化树
发表于:2018-12-14 | 分类: 生物信息
字数统计: 208 | 阅读时长: 1分钟 | 阅读量:

kSNP3 可以利用 reads、draft genomes 或 complete genomes 寻找 SNPs,并构建进化树。操作比较简单,小白比较容易上手。

1. kSNP3 安装

cd ~/tools

wget https://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_package.zip

unzip kSNP3.1_Linux_package.zip

#加入环境变量:

vim ~/.bashrc

i

export PATH=$PATH:$HOME/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3

ESC

shift + :

wq!

source ~/.bashrc

编辑主程序 kSNP3 的第 8 行:

将 set kSNP=/usr/local/kSNP3

改为:set kSNP=/home/lhl/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3

注:根据自己的路径进行修改

2. 基本用法

#将所有的基因组文件放于988_ksnp目录之中,在其上一级目录下运行命令创建输入列表:

MakeKSNP3infile 988_ksnp inlist A

#运行命令创建输入序列集合:

MakeFasta inlist fastainput_988

#计算最佳K值:

Kchooser fastainput_988

#寻找SNPs并构建进化树:

kSNP3 -in inlist -outdir SNPs_20181214 -k 23 -ML -NJ -vcf  -CPU 30 -core -min_frac 0.5 |tee Log_988_20181214.txt
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