kSNP3 可以利用 reads、draft genomes 或 complete genomes 寻找 SNPs，并构建进化树。操作比较简单，小白比较容易上手。

1. kSNP3 安装

cd ~/tools

wget https://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_package.zip

unzip kSNP3.1_Linux_package.zip

#加入环境变量：

vim ~/.bashrc

i

export PATH=$PATH:$HOME/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3

ESC

shift + ：

wq!

source ~/.bashrc

编辑主程序 kSNP3 的第 8 行：

将 set kSNP=/usr/local/kSNP3

改为：set kSNP=/home/lhl/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3

注：根据自己的路径进行修改

2. 基本用法

#将所有的基因组文件放于988_ksnp目录之中，在其上一级目录下运行命令创建输入列表：

MakeKSNP3infile 988_ksnp inlist A

#运行命令创建输入序列集合：

MakeFasta inlist fastainput_988

#计算最佳K值：

Kchooser fastainput_988

#寻找SNPs并构建进化树：

kSNP3 -in inlist -outdir SNPs_20181214 -k 23 -ML -NJ -vcf  -CPU 30 -core -min_frac 0.5 |tee Log_988_20181214.txt