kSNP3 可以利用 reads、draft genomes 或 complete genomes 寻找 SNPs,并构建进化树。操作比较简单,小白比较容易上手。
1. kSNP3 安装
cd ~/tools
wget https://sourceforge.net/projects/ksnp/files/kSNP3.1_Linux_package.zip
unzip kSNP3.1_Linux_package.zip
#加入环境变量:
vim ~/.bashrc
i
export PATH=$PATH:$HOME/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3
ESC
shift + :
wq!
source ~/.bashrc
编辑主程序 kSNP3 的第 8 行:
将 set kSNP=/usr/local/kSNP3
改为:set kSNP=/home/lhl/tools/kSNP3.1_Linux_package/kSNP3
注:根据自己的路径进行修改
2. 基本用法
#将所有的基因组文件放于988_ksnp目录之中,在其上一级目录下运行命令创建输入列表:
MakeKSNP3infile 988_ksnp inlist A
#运行命令创建输入序列集合:
MakeFasta inlist fastainput_988
#计算最佳K值:
Kchooser fastainput_988
#寻找SNPs并构建进化树:
kSNP3 -in inlist -outdir SNPs_20181214 -k 23 -ML -NJ -vcf -CPU 30 -core -min_frac 0.5 |tee Log_988_20181214.txt