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R语言绘制气泡图Bubb_Plot
发表于:2021-10-12 | 分类: 可视化
字数统计: 383 | 阅读时长: 1分钟 | 阅读量:

气泡图是经常用到的一种图,可以对比不同样本中某个特征的丰富度差异。以下代码 “bubbleChart_No0.R” 用于气泡图的绘制,零值将不会在图中输出。

输入文件示例

bubbleChart_No0.R代码在此
#!/usr/bin/env Rscript setwd("E:/Researches/lujia16S/Analysis_20200907/Downstream_analysis/Function")#设置工作目录 #pdf(file="FunctionsBubbleChart.pdf", width=14, height=11) # 读取文件 sep 根据文件格式确定 data <- read.table("functional_table3.tsv",header = TRUE, sep = "\t") library(ggplot2) library(reshape) data_melt <- melt(data) names(data_melt) = c("Functions", "Samples", "Abundances") data_melt$Sites=substring(data_melt$Samples,1,3)# 根据第二列的样本名称提取站位信息,用于后续着色 data_melt <-as.data.frame(data_melt) # 做主图 bubble <- ggplot(data_melt[which(data_melt$Abundances>0),], aes(x = Samples, y = Functions, size = Abundances, color = Sites)) + geom_point() # 字体修饰 ##windowsFonts(myFont = windowsFont("Times New Roman")) # 修改细节 — 图注,点大小,点shape bubble_style <- bubble + theme_classic()+ labs( x = "Sampling Sites", y = "Functions", color="Sites", # 颜色图注名 size="Abundances")+ # 大小图注名 scale_size(range = c(0.1, 10), breaks = seq(0.1, 0.6, 0.2)) + #等比修改圆圈大小 theme(plot.title=element_text(family="Times New Roman",size=8, color="red",face="italic", hjust=0.5,lineheight=0.5), plot.subtitle = element_text(hjust = 0.5)) + theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1)) #dev.off()

使用方法

在 Rstudio 中运行以上代码,注意更改自己的工作目录和输入文件。

气泡图

脚本获取

关注公众号 “生信之巅”,聊天窗口回复 “b68c” 获取下载链接。

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敬告:使用文中脚本请引用本文网址,请尊重本人的劳动成果,谢谢!Notice: When you use the scripts in this article, please cite the link of this webpage. Thank you!

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